La Compagnia di Gesù si stabilisce a Bologna nel 1546, seppur, precedentemente, è testimoniato il passaggio di Francesco Saverio (1537-38). Le scuole guidate dai Gesuiti introducono innovazioni sul piano didattico e l'insegnamento viene articolato nelle classi di grammatica, umanità e retorica; nel 1636 il collegio bolognese, assecondando la Ratio Studiorum, amplia le proprie discipline con i corsi di filosofia e teologia.

Fino alla soppressione del 1773, l'insieme delle istituzioni gesuitiche bolognesi (Collegio di S. Lucia, Noviziato di S. Ignazio, Collegio S. Francesco Saverio, Collegio S. Luigi) fa convergere in città un continuo flusso di studenti; in particolare, le scuole di S. Lucia, dopo il passaggio dei Barnabiti, trasformatosi in liceo pubblico, sussiste fino ai nostri giorni.