Istituita nel 1792, venne inaugurata dieci anni più tardi presso le sale del Convento gesuita di San Sebastiano a Verona. Il nucleo iniziale della raccolta comprendeva ivolumi provenienti sia dai padri gesuiti e benedettini di San Zeno sia dalla libreria del conte AventinoFracastoro(1704-1787). Nel corso dell'800 il materiale librario si arricchì notevolmente grazie ad altri numerosi e importanti lasciti: nel 1846 giunse l'intera libreria del marchese Paolino de'Gianfilippi; BonifacioFregosodonò nel 1862 la biblioteca del fratello, il conteGiovanni; nei decenni successivi pervennero poi le raccolte delPadre BartolomeoSorio, del conte Giovan Battista CarloGiuliari,del marchese Giovanni Pindemonte, dell'architetto Luigi Trezza, dell'abate Giuseppe Venturi, del naturalista AbramoMassalongo, del conte BonifacioFregosoe del bibliotecario CesareCavattoni. Dopo la soppressione delle corporazioni religiose nel 1870 si unirono alla biblioteca le librerie dell'Oratorio San Filippo Neri, della Compagnia del Gesù, dei frati Minori Cappuccini e Osservanti, dei Padri Carmelitani Scalzi e dei Padri Ministridegl'Infermi(Camilliani). Inoltre, grazie alla vendita dei duplicati e alle ingenti sovvenzioni municipali, vennero acquistatenella seconda metà del XIX secoloaltre prestigiose raccolte librarie, come quella dell'abate e professore di fisica FrancescoZantedeschi. Il4 gennaio 1945 un bombardamento aereodistrusse la chiesa e i locali dell'ex convento adibiti a biblioteca, facendo disperdere parte delpatrimonio librario (circa 45.000 volumi). Dopo la guerra la struttura venne ricostruita e ampliata su progetto dell'ingegnere Pier Luigi Nervi e inaugurata il 2 giugno 1980.