La chiesa fu costruita verso la metà del secolo XVI e intitolata alla Madonna della Misericordia. Il culto per la Madonna della Misericordia si era sviluppato a Fermo nel XIV secolo quando, nel 1399, era stata costruita, nei pressi dell'attuale piazza del Popolo, una chiesa votiva a Lei intitolata. Questa chiesa fu però demolita nel 1532.Tra il 1621 ed il 1625 fu costruito il convento in cui si insediarono i padri Agostiniani che già erano presenti in Fermo nella chiesa del SS. Crocefisso di Saletto.A seguito del grande afflusso dei pellegrini, la chiesa fu completamente ristrutturata. I lavori iniziarono nel 1739 e terminata nel 1741.Il 13 Novembre del 1861 a seguito del decreto di soppressione degli ordini religiosi del 3 gennaio 1861, i religiosi uscirono dal convento e la chiesa fu chiusa. In pochi anni sia il convento che la chiesa caddero in rovina e furono demoliti.Nel 1901 la chiesa fu ristrutturata dall`ing. Eugenio Fagioli in stile neorinascimentale. I lavori iniziarono il 3/10/1898 e la chiesa fu aperta al culto il 22/9/1901. Anche i frati Agostiniani presero possesso del nuovo convento ove ancora risiedono.

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