<1418-1810> La chiesa è stata fondata probabilmente dopo il 1261 dai canonici regolari di San Marco, ordine istituito a Mantova dal predicatore Alberto Spinola. I canonici si dedicano, oltre alla vita contemplativa, all’accoglienza del forestiero. Tra il 1419 e il 1421 i canonici di San Marco abbandonano l’edificio, assegnato da Papa Martino V ai francescani minori osservanti provenienti dal convento di Santa Maria delle Grazie di Curtatone, vicino a Mantova. La chiesa viene ristrutturata e nel 1418 è annesso il convento per volere di Paola Malatesta Gonzaga. Nel 1798, l’assedio della città da parte delle truppe napoleoniche, porta all’abbandono del complesso di Santo Spirito; tra 1806 e 1810 viene abitato dai frati cappuccini per essere definitivamente chiuso nel 1810. Nel 1812 il convento è venduto ad un privato mentre la chiesa è assegnata alla parrocchia di Sant’Egidio. A metà del 1800 il convento è di nuovo abitato prima dai frati cappuccini e poi dal 1873 dai francescani riformati che rimangono fino al 1885. Nel 1893 il convento è acquistato dal vescovo Giuseppe Sarto e nel 1903, con l’elezione di Sarto al soglio pontificio come Papa Pio X, l’edificio rientra fra i beni delle Diocesi di Mantova. Dal 1903 al 1933 gli ambienti del convento sono adibiti a convitto e studentato mentre la chiesa diventa la cappella. Nel 1964 la struttura conventuale è demolita mentre la chiesa restaurata. Dall’inventario, redatto contestualmente alla soppressione, risulta che il convento è dotato di una libreria, priva di catalogo e che i libri sono stati trovati “in ammasso”.