I Chierici regolari di san Paolo, approvati da papa Clemente VII con breve del 18 febbraio 1533, fecero formale ingresso nell’antica chiesa di san Barnaba in Brolio a Milano il 21 ottobre 1538, ma vi si stabilirono solo nel 1545 e da questa loro prima definitiva sede presero il nome di Barnabiti. La chiesa fu ricostruita completamente dai chierici nel corso del XVI secolo e accanto alla chiesa sorse un edificio a due piani, che fu in origine casa generalizia della congregazione dei Barnabiti e poi sede del collegio e delle scuole da loro gestite.