Di origine umbra, la famiglia proveniva dal Comune di Cesi, fra Terni e Acquasparta. Nel XV secolo la famiglia si trasferì a Roma e il capostipite Pietro degli Equitani, divenuto senatore nel 1468, assunse il cognome Cesi. Dai tre figli Bartolomeo, Pierdonato e Angelo, ebbero origine i tre rami principali della famiglia. Il ramo di Pierdonato si distinse per la presenza di abati, vescovi e due illustri cardinali: in particolare Pierdonato I (1521-1586), già vescovo di Narni, nel 1556 fu nominato da papa Paolo IV Presidente di Romagna. Fu apprezzato dai ravennati per la sua abilità di mediazione volta a promuovere la pace fra guelfi, ghibellini e Stato pontificio e nei tre anni di mandato avviò diversi interventi di miglioramento della città con opere di bonifica, costruzioni e riqualificazioni. Fece erigere tra il 1562 e il 1565 sulla sponda del fiume Ronco la Colonna dei francesi in memoria della battaglia del 1512. Altro illustre canonico fu Angelo Cesi (1602-1646), fratello di Ferdinando Cesi fondatore dell’Accademia dei Lincei. Nel 1627 fu nominato vescovo di Rimini ove fondò nel 1629 un’accademia formata da religiosi, secolari e regolari, riminesi. Vi rimase fino al 1645 quando Papa Innocenzo X, visti i meriti registrati durante il suo episcopato, lo nominò Nunzio di Venezia.