Nel corso della sua attività di storico e genealogista, Ammirato raccolse un'ampia documentazione erudita, costituita da appunti, materiali di studio e carte relative soprattutto alla storia e alle genealogie delle famiglie napoletane e toscane. La raccolta, iniziata durante i soggiorni napoletani e proseguita a Firenze, fu alimentata anche dalla consultazione di archivi pubblici e dalla disponibilità di documenti familiari messi a sua disposizione. Alla morte lasciò beni, libri e manoscritti a un Cristoforo del Bianco suo aiutante a condizione che questi prendesse il nome (Scipione Ammirato il Giovane) e lo stemma: successivamente utilizzati da quest’ultimo per la pubblicazione e il completamento di alcune opere. Parte almeno dei suoi libri fu donata alla biblioteca dell’ospedale di Santa Maria Nuova, dalla quale alcuni manoscritti confluirono successivamente nella biblioteca Magliabechiana (ora BNCF), nella Biblioteca Biomedica dell’Università degli Studi di Firenze e in altre biblioteche (cfr. De Mattei 1960, in part. pp. 397-407).