Di antica fondazione e citata dal Tomasini, (J. Ph. Tomasini, Bibliothecae Patavinae manuscriptae, Utini 1639, pp. 65-68) per i suoi 134 codici di argomento prevalentemente teologico, fu a partire dal 1761 che acquisì fama e rilevanza grazie al Padre Michelangelo Carmeli (1705-1766), che si spese per rinnovarla, arricchirne le raccolte librarie e dotarla di una nuova sede in un'ala del convento appositamente predisposta: la splendida sala settecentesca su pregetto di A.Camerata ed affrescata da G.Gru, con gli armadi originali, è tutt'oggi visitabile, a Padova in via G.Galilei 36. Fin dal suo risorgere, la biblioteca ricca di circa 22.000 volumi, venne posta sotto la protezione dei Riformatori allo Studio che avendo contribuito economicamente alla sua costruzione, alla morte del Carmeli, la unirono alla Biblioteca Universitaria, garantendo la continuità del suo servizio al pubblico; fu così una delle poche biblioteche conventuali a sfuggire alle soppressioni napoleoniche, anche se l'abbandono in cui venne lasciata fino al 1838, anno in cui venne trasferita nella Sala dei Giganti, favorirono la dispersione e la perdita di volumi. (cfr.: Fondi antichi della Biblioteca Universitaria di Padova. Mostra di manoscritti e libri a stampa in occasione del 350º anniversario della fondazione...,  9-18 Dicembre 1979, Padova 1979, pp. 58-62; T. Pesenti Marangon, La Biblioteca Universitaria di Padova dalla sua istituzione alla fine della Repubblica Veneta (1629-1797), Padova 1979, pp. 137-139. La sala della biblioteca, arricchita dagli splendidi affreschi di Giuseppe Gru di Verona e con i plutei originali realizzati dai frati minori Andrea da Volta Mantovana, Bernardo da Brescia e Antonio da Sanbruson, è ancora visibile all’interno del Liceo Duca d’Aosta
mentre i volumi che vi erano conservati entrarono nei magazzini dell’Universitaria nel 1818 e sono riconoscibili
dalle antiche collocazioni, generalmente presenti sulla controguardia, dell'indicazione di collocazione con riferimento al Pluteo.