Di chiesa e convento si hanno notizie sicure a partire dal 1375 , anno in cui papa Gregorio XI assegnò la regola di sant'Agostino ai monaci dell'ordine dei santi Barnaba ed Ambrogio ad Nemus che qui risiedevano. I monaci occuparono il convento fino al 1644, quando il loro ordine fu soppresso da Innocenzo X ed il monastero fu donato al cardinale Odescalchi che il 29 ottobre 1649 lo consegnò ai Minori Riformati, residenti dal 1603 nel convento di Santa Maria del Giardino. Dopo la soppressione napoleonica il convento venne usato come ospedale e nel 1852 divenne un ospizio per sacerdoti anziani ed infermi. Nel 1857 la chiesa fu ribenedetta e riaperta al pubblico.