Il monastero di Sant'Agnese (già di Ognissanti) venne fondato nel sec. XII; il 19 aprile 1229 la comunità aderì alla regola benedettina, fu monastero doppio fino al 24 novembre 1256 quando la comunità femminile si staccò per fondare il Monastero di Santa Maria di Fistomba. Nel sec. XV, dopo l'unione del Monastero di S. Antonio Abate del Covalo presso Teolo , seguì per il monastero un lungo periodo di crisi fino al 1589, quando, grazie all'interessamento del vescovo di Padova Federico Cornaro, fu affidato alle monache Benedettine di Sant'Agnese  (di qui la nuova denominazione) di Polverara che incaricarono della ricostruzione del complesso Vincenzo Scamozzi. Il monastero fu estinto con decreto napoleonico del 1810.

 Cfr. Monasticon Italiae, a cura del Centro storico benedettino italiano,  4: Tre Venezie. Fascicolo I. Diocesi di Padova, a cura di Giannino Carraro, Cesena, Badia di Santa Maria del Monte, 2001, p.  62-63, n. 38