<1473-1545>. DBI, 8, Roma 1966, pp. 117-119. Una sua opera autografa, con testi in greco e latino, Inscriptiones antiquae ex variis locis sumptae a Ioanne Bembo... MDXXXVI, è conservata nel manoscritto di München Staatsbibliothek, Clm 10801 (Pal. 801), sul quale cfr E. Remak - Honnef und H. Hauke, Katalog der lat. Handschriften der Bayerischen Staatsbibliothek München: Die Handschriften der ehem. Mannheimer HB Clm 10001-10930, Wiesbaden 1991, p. 234 (https://www.manuscripta-mediaevalia.de/hs/katalogseiten/HSK0240_b234_JPG.htm). Quest'ultimo manoscritto fu di Giovanni Francesco Negri. Un altro suo autografo è conservato presso l'Archivio di Stato di Venezia, Dieci savi alle decime in Rialto, Deputazioni unite, Commisurazione delle imposte, Condizioni di decima. Filze. Redecima 1514, b. 27, S. Cancian 54 (21 agosto 1514), su cui cfr: https://www.archiviodistatovenezia.it/divenire/document.htm?idUa=54098&id.... Ancora sue note manoscritte compaiono su un esemplare dell'edizione del 1485 dell'Isolario di Bartolomeo dalli Sonetti (IGI 1278) della Biblioteca Estense di Modena (segnato Alfa.E.5.15 ), sul quale cfr.: M. Donattini, Bartolomeo da li Sonetti, il suo Isolario e un viaggio di Giovanni Bembo (1525-1530), in «Geographia antiqua», 3-4 (1994-1995), pp. 211-236.
BM- 393 D 150, c. a2v nota di possesso manoscritta cassata: Ioannis Bembi. Note di lettura manoscritte in latino.
BM 385 D 54, c. a 2r nota di possesso manoscritta: Ioannis Bembi Veneti vici Birii divi Canciani; rare note di lettura, in una scrittura più minuta e disordinata, a c. a2r, b3r-b6v, g2r-g4v
BM - Rari Ven. 164, c. a1v, a c. f3v e s2v: note di possesso manoscritte: Ioannis Bembi veneti e vico Birio Divi Canciani. Note di commento al testo ai margini, per lo più con notizie della sua vita (f3v, g3r, h6v, r3v, r4r, q5v, q6r, , s3r); nei margini interviene anche in una scrittura più minuta e disordinata, da ascrivere sempre alla sua mano.
BM - Rari 122, sulle carte di tavola numerose postille, con datazioni riferibili tra il 1525 e il 1534
Cfr.: E. Sciarra, Codici e libri stampati postillati: note di possesso, note di lettura, note di studio nella base dati dei possessori della Biblioteca Nazionale Marciana di Venezia, in Change in Medieval and Renaissance Scripts and Manuscripts. Proceedings of the 19th Colloquium of the Comité international de Paléographie latine (Berlin, September 16-18, 2015), edited by M. Schubert and E. Overgaauw, Turnhout 2019, pp. 301-312.
Un altro volume è conservato presso la Biblioteca Nazionale Centrale di Firenze, P.8.15, con notabilia e marginalia e nota di possesso manoscritta: Ioannis Bembi Veneti vici Birii divi Canciani (ISTC ip00940000) su cui cfr: P. Scapecchi, Catalogo degli incunaboli della Biblioteca Nazionale Centrale di Firenze, Firenze 2017, BNCF 2328, p. 345.