<970-1810> La fondazione del monastero avviene probabilmente intorno al 970 grazie al mecenatismo del marchese Ugo di Toscana e della madre Willa che elargiscono il cenobio benedettino di possessi fondiari nel contado fiorentino e fiesolano. Nel 1002 l’imperatore Ottone III dichiara il cenobio abbazia regia, confermandone la totalità dei possessi. All’inizio del XII secolo la comunità monastica ha una consistenza numerica di 25 monaci: l’incremento della popolazione fiorentina porta al sorgere di nuove esigenze religiose e pastorali col conseguente ampliamento del monastero tra 1208-1209 e l’affidamento della cura d’anime ai monaci benedettini. Nel XIII secolo si verifica un periodo di relativa decadenza del monastero da imputare a carenze di vocazioni e impoverimento culturale. La riqualificazione spirituale e intellettuale avviene nel 1419 quando il monastero entra a far parte, come altri cenobi benedettini, nella Congregazione padovana di Santa Giustina, di cui però si rende autonomo dal 1428 al 1432. Alla metà del XVI secolo la Badia ospita circa 60 monaci, detiene estesi possedimenti fondiari in città e nel contado, al suo interno coltiva un’intensa attività religiosa e di studio. La scuola del cenobio benedettino è organizzata in tre livelli: il primo prevede un insegnamento base di teologia per dotare gli allievi di strumenti per leggere le Sacre Scritture; il secondo è rivolto propriamente ai monaci aventi attitudine alla didattica; il terzo è rivolto a quegli alunni destinati a diventare “lettori” di teologia e filosofia. Tra XVII e XVIII secolo il monastero accoglie una numerosa comunità monastica dedita alla gestione economica relativa ad affitti di case e botteghe di cartolai, librai e miniatorie all’attività intellettuale. Tra 1808 e 1810, a seguito delle soppressioni franco-austriache, le proprietà benedettine sono trasferite all’Amministrazione del Registro e Demanio, divise e vendute a privati. Nel 1919 la Badia passa alla congregazione vallombrosana, finché nel 1925 viene affidata al clero secolare.