Il convento fu fondato dai Frati Minori, prima dimoranti in Sant'Apollinare, verso il 1240, fuori le mura orientali della città. Nel 1452 i Frati Minori dell’Osservanza fondarono il nuovo convento di San Bernardino “alle Ghiaie” lasciando San Francesco ai Conventuali. Dal momento della definitiva separazione tra Osservanti e Conventuali sancita dalla Bolla di papa Leone X del 1517, il convento fu sempre abitato da questi ultimi, fino alla definitiva soppressione napoleonica del 1803. Il I agosto dello stesso anno i libri della biblioteca del convento furono inventariati e depositati presso il castello del Buonconsiglio. In seguito entrarono a far parte delle raccolte della Biblioteca Comunale di Trento.